北海法國梅裏埃木糖發酵管指示菌通常是腸道菌，但某些情況下其他菌群也可作為指示菌，例如，如果食品已經過熱處理，但依然存在革蘭氏陰性菌，說明熱處理不夠徹底(相對於這些細菌的起始數)或熱處理後又被汙染、木糖發酵管批發大腸菌群隻是革蘭氏陰性菌的一類，對熱處理沒有太靈敏的指示作用，但現在仍使用大腸菌群計數檢測食品的熱處理後的效果，“指標菌"一詞是1977年由Ingram出，作為指示生態恃征相似的一類致病菌的可能存在的標誌，同時保留了上段所定義的指示菌含義。

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